Eftersom tarmarna och hjärnan har starka kopplingar till varandra är det viktigt att tarmfloran är i balans.
Tarmbakterier kan till exempel producera signalsubstanser som aminosyran tryptofan, som är ett förstadie till serotonin, som höjer vårt humör och melatonin, som är vårt sömnhormon. De kan också producera signalsubstanser som kan påverka nervsystemet.
En obalanserad tarmflora kan till exempel leda till inflammation som i sin tur visat sig kunna påverka hur vi mår psykiskt och bidra till depression och ångest. I studier kan man se att flera sjukdomar är förknippade med hur tarmfloran ser ut. IBS, fetma, åderförkalkning, diabetes, hjärt- och kärlsjukdom, inflammatorisk tarmsjukdom, gikt, depression och artrit är några av dem. Man har också sett hur tarmfloran tydligt skiljer sig mellan friska personer och personer med depression, autism, bipolär sjukdom, Parkinsons sjukdom och schizofreni.
Ett annat exempel på hur viktig tarmflorans roll är i kroppen är att kortkedjiga fettsyror, framförallt smörsyra och propionsyra, produceras av bakterierna i tarmfloran vid nedbrytning av fibrer. Förutom att fettsyrorna hjälper tarmslemhinnan att hålla sig intakt och verkar antiinflammatoriskt så kan de också stimulera tillväxten av hjärnceller.