Din tarmflora består av cirka 100 triljoner tarmbakterier och majoriteten av dem ska vara i tjocktarmen. En av tjocktarmens uppgifter är att bryta ner kostfibrer du får i dig, kostfibrer som våra egna celler inte kan utnyttja, de omvandlar dessa till hälsofrämjande ämnen som exempelvis B- och K vitamin. Tunntarmens uppgift är att ta upp näringen du får i dig som till exempel aminosyror, fettsyror, kolhydrater, vitaminer och mineraler.
Tjocktarmen är anpassad för att hantera stora mängder bakterier som ska bryta ner kostfibrerna du får i dig. När kostfibrerna bryts ned bildas det restprodukter som kallas för bakterietoxiner. Tjocktarmen har två tjocka slemskikt för att hålla dessa bakterier och toxiner borta från tarmens vägg.
I tunntarmen ska det normalt sett finnas väldigt få tarmbakterier, eftersom den inte har ett starkt skyddande slemskikt som tjocktarmen har. Om du har en stor mängd bakterier i tunntarmen kommer nedbrytningen av kostfibrer ske där istället, och eftersom tunntarmen endast har ett tunt slemskikt kan bakterietoxiner ta sig in igenom tarmväggen där de kan orsaka en mängd besvär. Gifterna från bakterierna kan skada tunntarmens celler, läcka ut i blodbanan och irritera immunsystemet som finns i tunntarmsväggen. Detta kan resultera i inflammation både i tarmen och i resten av kroppen samt bidra till utveckling av kroniska sjukdomar och inflammationstillstånd i muskler och leder.
Förutom dessa negativa effekter så kan de ovälkomna bakterierna i tunntarmen "stjäla" aminosyror, vitaminer och mineraler som annars skulle komma kroppen till godo i form av viktig näring.